Началом долгой истории создания и становления большого комплекса учебных заведений имени Гнесиных является 15 февраля 1895 года — именно в этот день было открыто «Музыкальное училище Е. и М. Гнесиных», небольшое частное музыкальное учебное заведение, основанное выпускницами Московской консерватории, ученицами ее директора В. И. Сафонова, сестрами Евгенией и Еленой Гнесиными.

В 1919 году школа стала государственной, не изменив, однако, принципов своей работы и организации (в 1920 году, в соответствии с государственной программой, произошло разделение учебного заведения на детскую школу и техникум с единым руководством). В 1923 году ученик Римского-Корсакова, выдающийся композитор Михаил Гнесин создал отдел композиции и теории музыки. Рост количества и уровня учащихся скоро сделал Гнесинское училище-техникум одним из лучших во всесоюзном масштабе средних учебных заведений.

В марте 1944 года было принято постановление правительства об организации Государственного музыкально-педагогического института имени Гнесиных. В 1946 году при институте была открыта специальная музыкальная школа-десятилетка. Таким образом сложился комплекс из четырех учебных заведений — институт, училище, спецшкола и детская школа-семилетка — возглавляемый по-прежнему Е. Ф. Гнесиной. В 1992 году институт был преобразован в Российскую академию музыки имени Гнесиных.

Именно здесь впервые в истории высшего образования был основан факультет народных инструментов, созданы отделения сольного народного пения, музыкального искусства эстрады, звукорежиссуры, отделение музыкального менеджмента (с 2005 года — продюсерский факультет), кафедра компьютерной музыки, информатики и акустики.

Педагогами училища (а затем Института и Академии) Гнесиных в разное время были Р. М. Глиэр, А. Т. Гречанинов, Е. А. Бекман-Щербина, Г. Г. Нейгауз, М. В. Юдина, Л. Н. Оборин, Т. Д. Гутман, В. В. Борисовский, С. М. Козолупов, К. А. Эрдели, М. Ф. Гнесин, Н. И. Сперанский, В. Д. Конен, Н. А. Гарбузов, А. И. Хачатурян, Я. В. Флиер, Б. А. Покровский, Б. А. Чайковский, М. И. Фихтенгольц, М. И. Гринберг, А. И. Ямпольский, С. Е. Фейнберг, Е. В. Гиппиус, Ю. Н. Тюлин. Среди выпускников вуза З. Долуханова, Е. Светланов, М. Таривердиев, В. Федосеев, Т. Докшицер, Л. Зыкина, К. Иванов, Е. Кисин, Ю. Казаков, И. Кобзон, Н. Некрасов, А. Рудин, В. Дашкевич, Д. Тухманов и многие другие.