Эстонская Высшая школа музыки открылась 28 сентября 1919 года. В 1923 году этот музыкальный институт был переименован в Таллинскую консерваторию. Первый ее выпуск состоялся в 1925 году. Изначально частное учреждение, Консерватория была национализирована в 1935 году.

Начиная с 1940 года, музыкальное образование осуществлялось в соответствии с советскими идеологическими установками: была упразднена как специальность церковная музыка, началось обучение политическим предметам. Война прервала деятельность вуза: в результате воздушного налета 9 марта 1944 года здание консерватории было разрушено. В ноябре 1944 года Консерватория была вновь открыта.

Возрождение творческой деятельности началось в середине 1950-х. Вернулись некоторые из лекторов, в 1957 году был открыт факультет драмы. В течение 1970-х был возрожден органный класс, который был закрыт в 1950 году, значительно увеличилось число студентов. В 1989 году было восстановлено прежнее название — Таллинская консерватория. Четыре года спустя она была переименована в Эстонскую Академию Музыки (Eesti Muusika akadeemia).

В 1999 году Эстонская академия музыки получила собственное здание в центре Таллина, которого ждала на протяжении последних 55 лет. И теперь это одно из лучших и наиболее современных консерваторских зданий в мире.

Среди наиболее прославленных выпускников Академии — Арво Пярт, Эри Класс.